Godine 1646., na 120 metara visokom brdu sjeverno od šibenske jezgre podignuta je Tvrđava sv. Ivana, nazvana prema crkvici koja se tamo nalazila već nekoliko stoljeća. Sagrađena je tijekom kolovoza i rujna, u svega 58 dana, kao glavna točka novog obrambenog sustava grada neposredno pred veliki napad osmanske vojske. Tvrđavu su svojim rukama i sredstvima podigli Šibenčani, a prema nacrtu inženjera iz Genove, fra Antonija Lenija.
Ta prva verzija tvrđave bila je u obliku "zvijezde", uobičajenom za 17. stoljeće, a na sjeveru je radi kontrole prostora izgrađen manji položaj povezan s tvrđavom, koji se u vojnoj terminologiji zove tenalja (od tal. tenaglia – kliješta). Samo koji dan nakon završetka gradnje, nova obrana Šibenika izdržala je manji napad neprijatelja, a sljedećeg ljeta na tvrđavu se sručila sila od više desetaka tisuća neprijateljskih vojnika. Vodio ih je bosanski paša Tekijeli, koji je želio zauzeti Šibenik i ovladati istočnim Jadranom. Tijekom mjesec dana opsade grada, najveći dio neprijateljskih napada bio je koncentriran na Tvrđavu sv. Ivana. Osmanska vojska je stalnom topovskom paljbom značajno oštetila tvrđavu. U jednom trenutku osvojili su čak i tenalju tvrđave, te su ubrzo poduzeli finalni noćni juriš koji je bio odbijen od hrabrih Šibenčana i mletačkih vojnika.
Neprijatelj ubrzo prekida opsadu zbog velikih gubitaka i povlači se u unutrašnjost, ali strah od odmazde i novog, još većeg napada natjerao je Mlečane da nadograde i usavrše tvrđavu. Tako je ona u idućih nekoliko godina proširena, bastioni su osnaženi, a izgrađeni su i popratni objekti poput barutane i cisterne. Udaljena tenalja osigurana je pomoću složenog niza vanjskih fortifikacija, koje su nekoliko puta adaptirane i mijenjane kako bi se došlo do najboljeg rješenja.
Kroz stoljeća, Tvrđava sv. Ivana je također postala zapuštena. No, slijedom uspješnih revitalizacija drugih šibenskih tvrđava, 2016. godine pokrenut je projekt kojim bi se i ova tvrđava uredila i prezenitirala svoju priču posjetiteljima. Plan projekta uključuje sanaciju oštećenja na zidinama, rekonstrukcije srušenih objekata, uređenje prostora tvrđave sukladno originalnom stanju te njihovo ispunjavanje znanstveno-edukativnim, kulturnim i zabavnim sadržajima.
