Tvrđava sv. Mihovila smjestila se na povoljnom položaju podno kojeg se razvio srednjovjekovni Šibenik. Izgrađena je na strmoj stijeni, sedamdesetak metara iznad razine mora, koja kontrolira i brani ušće rijeke Krke, ali i druge važne prometne pravce prema sjeveru i jugu Dalmacije. Arheološki nalazi sugeriraju da je pružala zaštitu lokalnom stanovništvu još od doba Ilira. Ime duguje crkvi posvećenoj arkanđelu Mihovilu, koja se od najranijeg doba nalazila unutar tvrđave. Simbolička veza tvrđave i grada vidljiva je na više razina – od zidova tvrđave potekli su gradski bedemi koji su okruživali i stoljećima štitili Šibenik, a sveti Mihovil je od najranijeg perioda nebeski zaštitnik grada. Te dvije tvrdnje jasno su pokazane na najstarijem gradskom pečatu iz 13. stoljeća, koji prikazuje arkanđela kako bdije nad gradskim zidinama.
Najveći hrvatski obalni grad bez antičke baštine prvi put se spominje 1066. godine u jednoj od povelja hrvatskog kralja Petra Krešimira. Budući da su se kralj i njegova mnogobrojna pratnja smjestili i boravili u Šibeniku, sigurni smo da je tvrđava već tada postojala. Šibenik se u to rano doba navodi kao castrum, termin koji obično označava '"utvrđeni grad''. Prema legendi, ugarsko-hrvatski kralj Koloman je oko 1105. godine prisustvovao svečanoj misi koju je u crkvi sv. Mihovila na tvrđavi vodio biskup sv. Ivan Trogirski.
Rani podaci o tvrđavi i Šibeniku obilježeni su borbama za vlast na istočnom Jadranu. Mletački dužd Faledro je 1116. godine osvojio i razrušio grad i tvrđavu, koju tom prilikom naziva ''neosvojivom''. Razvedena hrvatska obala tada je pružala sklonište gusarima. Među njima su bili i oni šibenski, koji su jednom opljačkali i papinskog izaslanika njemačkom caru. Jedan kasniji papa piše sredinom 13. stoljeća da su Šibenčani bili ''obuzeti neposlušnim duhom'', jer su istjerali templarski red iz svog grada. Početkom idućeg stoljeća građani se bune i protiv moćne plemićke obitelji Šubića, koji su dugo godina držali poziciju šibenskih knezova. Pokušaj odmazde Šubića 1319. godine Šibenik je preživio zahvaljujući svojoj jakoj tvrđavi, iako je dugo bio pod opsadom s kopna i mora. No napad mletačke mornarice pod admiralom Pisanijem doveo je do osvajanja i paleža svih dijelova Šibenika izuzev same tvrđave, gdje se sklonilo preostalo stanovništvo.
Šibenčani konačno dolaze pod vlast Mletačke Republike 1412. godine, u čijem će sastavu ostati skoro četiri stoljeća. Iako je u prvotnom ugovoru pri preuzimanju grada bilo naznačeno da se Tvrđava sv. Mihovila mora sravniti sa zemljom, od tog se plana brzo odustalo te je ona u sljedećim desetljećima nadograđena drugim obrambenim elementima van njene osnovne četverokutne forme. Postepeno su izgrađeni podzidovi, vanjske kule i obrambene linije koje su dodatno otežavale potencijalne neprijateljske napade. Gradnje su pokretali gradski knezovi, pripadnici mletačkih obitelji, te su njihovi grbovi sačuvani na pojedinim mjestima.Tvrđava je također ojačana ''dvostrukim bedemima'' koji su je izravno povezali s morskom obalom. Na taj način se osigurala opskrba ili bijeg vojne posade za slučaj neprijateljske opsade ili pobune građana.
Sredinom 15. stoljeća Tvrđava sv. Mihovila je dominantna obrambena točka grada sa stalnom posadom od 40 vojnika. Iz povijesnih zapisa doznajemo da je tvrđava bila kvalitetno opremljena oružjem toga vremena. Vojnici su raspolagali s 27 topova manjeg kalibra, pet pušaka, stotinjak samostrela i 77 lukova s preko 3 tisuće strijela, te 68 kopalja, 42 oklopa i 68 štitova. Otprilike u istom periodu na tvrđavi se spominju i dvije cisterne koje su u njenoj unutrašnjosti sačuvane do danas.
Obrambeni sustav grada proširen je drugim tvrđavama kroz 16. i 17. stoljeće, što je dovelo do smanjenja važnosti Tvrđave sv. Mihovila. No, još je veći udarac došao od nepredviđenih okolnosti – u hladnoj zimskoj noći 1663. godine grom je pogodio skladište baruta što je uzrokovalo eksploziju i požar uslijed kojeg je izgorjela crkva sv. Mihovila. Sličan scenarij dogodio se 1752. godine kada je grom uzrokovao još snažniju eksploziju te uništio dobar dio zapadnih zidina. Unutrašnji objekti na tvrđavi su također pretrpjeli velika oštećenja. Tek je austrijska vojska 1832. obnovila dijelove zidina i dogradila ih prema svojim potrebama.
Stoljećima zatvorena i nedostupna građanima, u 21. stoljeću ovaj najstariji gradski spomenik konačno dobiva novu funkciju. Revitalizacija fortifikacijskog kompleksa Tvrđave sv. Mihovila započela je 2012. godine infrastrukturalnim radovima na površini od 2600 m2. U sklopu projekta izgrađena je velika ljetna pozornica s 1077 mjesta te su uređeni podzemni prostori. Utvrda je otvorila vrata svojim posjetiteljima 2014. godine s bogatom ponudom kulturnih, glazbenih i scenskih događanja, prepoznata kao jedna od najprestižnijih pozornica u regiji te nezaobilazna destinacija kulturnog turizma.
Tvrđava sv. Mihovila je simbol od neprocjenjivog kulturno-povijesnog i baštinskog značaja za grad Šibenik i Republiku Hrvatsku. Kao obnovljeni kulturni spomenik, tvrđava je danas jedan od glavnih pokretača razvoja grada s ciljem osmišljavanja i pružanja novih kulturnih, edukativnih, glazbeno-scenskih i drugih zanimljivih programa.
