Paralelno sa Tvrđavom sv. Ivana, 1646. godine izgrađena je Tvrđava Barone. Smještena je 90 metara iznad mora na brdu koje se ranije zvalo Vidakuša. Potrebu za izgradnjom tvrđave na brdima iznad Šibenika naglašavali su mnogi gradski knezovi tijekom 16. i 17. stoljeća, no mletačka vlada nikad nije ispunila njihove molbe. Grad je bio iznimno ranjiv jer je neprijatelj s pozicija današnjih tvrđava Barone i sv. Ivan lako mogao topništvom srušiti gradske zidine.
Tijekom 1645. godine kulminirali su loši odnosi između Osmanskog Carstva i Venecije, što je dovelo do izbijanja Kandijskog rata, nazvanom prema talijanskom imenu za otok Kretu. Osmanska vojska je u početku brzo napredovala na dalmatinskom bojištu i u ljeto 1646. godine stigla nadomak Šibeniku. Mletačko ratno vijeće tada daje prešutnu dozvolu gradu da sagradi nova utvrđenja. Svjesni da je osmanski napad postao samo pitanje vremena, građani Šibenika ulažu vlastita sredstva i napore kako bi sačuvali slobodu svog grada. Zajedništvo, sloga i strah rezultirali su podizanjem tvrđave sv. Ivana u samo 58 dana tijekom kolovoza i listopada iste godine.
Paralelno s njom izgrađena su i manja utvrđenja, a gradnju jedne od njih vodio je njemački barun Christoph Martin von Degenfeld. Ovaj Nijemac u službi Mletačke Republike bio je veteran mnogih europskih bitaka, te je kao plaćenik Venecije došao u Šibenik pomoći obrambenim naporima grada. Upravo on je potaknuo gradnju manje utvrde nedaleko od tvrđave sv. Ivana, na mjestu koje je kontroliralo istočni pristup gradu. U žurbi gradnje nove gradske obrane, manja su utvrđenja dobivala privremeno ime prema svom graditelju, pa se tako i ovaj položaj odmah nazvao Barone.
Prvi, manji osmanski napad u listopadu 1646. godine pokazao je da novi obrambeni sustav funkcionira, no Šibenčani su znali da slijedi novi, silovitiji napad. Tijekom zime dodatno su ojačali obranu grada, te su bili spremni na udar najbrojnije vojske koja je ušla u Dalmaciju još od rimskog doba. U kolovozu bosanski paša Tekijeli stigao pred grad s 25 do 30 tisuća vojnika, dok je Šibenik branilo oko 7 tisuća ljudi. Najveći udar bio je na Tvrđavu sv. Ivana, dok je Barone ciljan kao sporedna meta. No nakon mjesec dana ogorčenih borbi, šibenski branitelji odbacili su Osmanlije, koji su imali preko 4 tisuće poginulih, a čini se da je gotovo polovica ostalih vojnika dezertirala. Najveći napad na Šibenik tako je uspješno odbijen, a poražena neprijateljska vojska uputila se prema zaleđu.
U idućih nekoliko godina Šibenčani su bili u stalnom strahu da će se osmanska vojska vratiti, možda i u još većem broju. Stoga je 1659. godine poduzeta građevinska intervencija na tada manjoj utvrdi Barone, čime je ona proširena, povećana i podignuta u status tvrđave. Za taj projekt bio je zaslužan tadašnji mletački providur (upravitelj) Dalmacije, Antonio Bernardo. Tada su dograđeni polubastioni na sjevernom dijelu tvrđave, ojačani iznutra zemljanim nasipima kako bi duže izdržali napade neprijateljskih topova. Napravljen je i novi glavni ulaz, a na južnom dijelu prema gradu smješteni su pomoćni objekti.
Iako je doprinijela velikoj pobjedi, Tvrđava Barone je nakon prestanka osmanske opasnosti zapuštena. Njeni izvorni objekti su tijekom vremena srušeni ili dovedeni u derutno stanje. O obnovi tvrđave Barone počelo se intenzivnije razmišljati kada ju je početkom 20. stoljeća otkupio grad Šibenik s okolnim područjem koje je nazvano Šubićevac. Služila je kao meteorološka stanica, zatim i kao ugostiteljski objekt, ali ono što je najčešće privlačilo posjetitelje je prekrasan pogled na gradsku jezgru, kanal sv. Ante i otoke šibenskog arhipelaga.
Kako bi se priča o velikoj hrabrosti i pobjedi nastavila prepričavati, grad Šibenik je 2014. godine krenuo u veliku obnovu Tvrđave Barone. Cilj obnove je bio pretvoriti tvrđavu u inovativni, interaktivni muzej koristeći moderna dostignuća kojima bi se oživjela prošlost i posjetiteljima približili presudni trenutci borbi s Osmanskim Carstvom. Tehnologijom proširene stvarnosti danas su oživljeni prizori, protagonisti i zvukovi koji će svakog posjetitelja odvesti na nezaboravno putovanje. Projekt Barone uključio je infrastrukturne radove na renovaciji same tvrđave, opremanje gastro-kulturnog centra i dječjeg igrališta te izgradnju amfiteatra. Obrambena uloga Tvrđave Barone traje od 17. stoljeća, no njena graditeljska, spomenička, kulturološka i povijesna vrijednost čine je neprocjenjivom baštinom za buduće generacije.
